但沈就已不是初出茅庐的小字辈，他现在是大明的部堂高官，好友、同窗、门生不计其数，岂能坐视不理？于是反击随之展开，各部、各科道、翰林院、国子监、以及最重要的都察院，都有许多人站出来为他说话，其中又以号称第一能战的左佥都御史林润为先锋。
林润在奏章中说：‘老氏曰：‘乐杀人者，不可如志于天下''，诚不诬矣。朝廷以王者无外，有生之民，皆为赤子，何畲汉之限哉？何胜负之言哉？五霸何如？据山河而一战；三王有道，流声教于四夷！若乃视之如草木禽兽，不分臧否，不辩去来，悉艾杀之，岂作父母之意哉？''最后他旗帜鲜明的指出：‘若乱杀子民，虽克捷有功，君子所不与也。”用铿锵有力的文章，反对对内穷兵黩武，积极支持沈就的安抚政策，倡导以天下苍生为重，反对战争，反对杀戮，让人民过上安稳的日子。
便有吏科给事中王治撰文质疑道：‘夫畲民，蛮夷也，气类殊，其心异，安可以子民视之？岂不闻中山之狼？彼欲为东郭儒乎？”犀利的文笔同样引来了一片喝彩声。
但很快有户科都经事中曾省吾，用文章回击道：‘夫畲人气类虽殊，然其就利避害、乐生恶死，亦与汉人同耳。御之得其道则附顺服从，失其道则离叛侵扰，固其宜也！”
然而对方很快反诘，有监察御史周弘祖文曰：“夷人不服王化，多有反复，且冥顽异常，伐之尚且降而复叛，尚未闻有不战而定之事。”并列举了许多次少数民族反复叛乱的例子，不相信能用怀柔的手段达到目的。
不止是官场上激辩不休，就连文坛也为此各执一词。彼时的文坛领袖王世贞、李孽r龙，都是大汉族主义的鼓吹者，看不上沈就温吞水似的处理方式，不仅在各种场合公开批评，甚至还写戏文编排他。
不过沈就这边也不是好惹的，同样具有崇高影响力的李贽、谢榛等人，纷纷表明态度支持沈就，并把他标榜成为具有慈悲心怀的伟大政治家，同样写戏文与李、王等人针锋相对，相互甚至闹到不可开交的地步。
双方就这样你来我往，文字飞扬，虽然支持沈就的总体还是处于劣势，但也让人清楚认识到他已是根基牢固的大员，不是几个言官、几封弹劾就能动摇的了的。
就在大家拭目以待，想看看还有什么好戏时，一个人的一篇文章，为这场争论画上了句号。这人就是张居正，他写了一篇极为精彩的《平南议疏》，使所有人都住了嘀：
在文章的开头，他明确指出，对于少数民族叛乱，不应与对外战争等同视之。因为武力馈压的效果只是暂时，造成的仇恨却可以长久存在，过得二三十年，新一代人生长起来，又会再次反叛。与此相反，诸葛亮为了安定西南后方，七擒七纵孟获，以德治统驭西南蛮族，才免除了后顾之忧，专心致志地北伐。
他又具体分析了赣南的民情地形，令人信服的指出，单靠武力强攻叛匪，犹如‘入测驱焦，、‘入丛驱雀”难以如愿，而且畲人会因为官府不分青红皂白的迫害，与叛匪结为联盟，抗拒官军，使清剿难以奏效。只有利用他们与叛匪之间的矛盾，以利益争取他们，以德政安抚他们，他们才会趋利而动，支持官军剿匪，这不但使叛军没了支援，而且斩断了为他们通风报信的耳目，使其陷于被动，这样再采取军事行动，必可事倍功半。
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